（1） 在各省市、自治区划定的批次资格线上，根据各省市招办规定的比例投档。根据分数优先原则，严格按照考生的专业志愿顺序依次择优录取。如果考生填报的专业志愿无法被录取，但服从专业调剂的，将由学校根据分数调剂到尚未完成计划的专业。高考投档成绩无法满足所填报的专业志愿，又不服从调剂的，作退档处理。
（2）获得我校推荐表且满足以下条件的本市考生，将获得校内加分的优惠政策：1、考生必须在平行志愿的A/B/C位置填报我校；2、考生在高中期间所参加的上海市普通高中学业水平考试中，有3门及以上科目获得过A，且化学、生物两门科目均不低于B；3、考生高考成绩达到学校投档线。校内加分的实施办法：根据考生的志愿填报加分，填在A位置加5分，B位置3分，C位置2分，并统一按加分后成绩进行专业录取。此项校内加分政策仅适用于本科各批次的非征求志愿阶段，受理时间为六月下旬，并在学校主页上公示一周。
（3）凡报考我校，具有民乐专长的本市考生，必须参加我校民乐加试，经加试定为A类的考生，必须在平行志愿A位置报考我校，达到我校投档线即可录取，并且满足其填报的第一专业；B类考生必须在平行志愿A位置报考我校，达到我校投档线即可录取，按其投档成绩进行专业录取。
（4）录取时，同分条件下参考外语成绩；外语成绩相同者，参考语文成绩；外语语文成绩均相同者，参考数学成绩。
（5）中医学专业 (针灸推拿英语方向七年制)要求英语高考成绩达到满分的70%及以上，上海生源考生要求英语口试B以上（含B级）；药学（中英合作）专业要求英语高考成绩达到满分的60%及以上。

学费标准
一般专业每生每学年5000元，沪价费（2000）120号；
特殊（热门）专业每生每学年6500元，沪价费（2000）120号；
药学（中英合作）专业（为热门专业）：
每生每学年19000元，沪价费（2007）38号；
护理（中英合作）专业（为热门专业）：
专业每生每学年18000元，沪价费（2007）38号。
住宿费
标准
校本部：每生每学年1200元，沪价费（2003）56号、沪财预（2003）93号、沪教委财（2012）118号；
中医学（针灸推拿英语方向七年制）与上海交通大学联合办学，中医学（七年制）与华东师范大学联合办学，前两年住宿费分别按照上海交通大学与华东师范大学的标准。

学校认真执行国家和本市相关学生资助规定，被本校录取的家庭经济困难学生可通过“绿色通道”申请入学，入学后可按规定申请国家奖学金、国家励志奖学金、上海市奖学金、国家助学金、国家助学贷款、勤工助学岗位、特殊困难补助和学费减免等。学校承诺：确保被本校录取的学生不因家庭经济困难而辍学。

现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；国家重点学科数居全国中医院校第二、上海地方高校之首。有38个中管局重点学科，6个上海市重点学科（上海高校一流学科），5个上海市教委重点学科。有1个教育部工程研究中心， 3个教育部重点实验室，2个上海市重点实验室，7个中管局重点研究室，2个上海市高校E-研究院。在2012年的国家一级学科评估中，中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二，中西医结合一级学科排名全国第三。