学校现有在职教职工1500多人，其中学校编制专任教师670人。有教授117人、副教授175人，有博士生导师189人、硕士生导师996人（含附属医院）。学校有“长江学者”特聘教授1名、国家“千人计划”1人、国家杰出青年科学基金获得者4名，国家级教学名师1人，入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”3人，“江苏特聘教授”2人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。

南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。

学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，就业率始终保持在95%以上，多次被评为“江苏省毕业生就业工作先进集体”。

目前，在校生总数有1.3万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。

学校现有1个国家重点实验室、4个部级重点实验室、（人类生殖调控与危害评估重点实验室等），12个江苏省重点实验室和工程（技术）研究中心（现代病原生物学重点实验室、生殖医学重点实验室、应用毒理学重点实验室、人类功能基因组学重点实验室、医药农药兽药安全性评价与研究中心、基因表达工程研究中心及基因药物技术中心等）。